Thayil blev født i Seattle i 1960 og voksede op i Chicago -forstaden Park Forest. Hans forældre kom fra staten Kerala i Indien til Seattle. Hans far Boniface Thayil fik en uddannelse i kemiteknik, modtog beskæftigelse i Chicago og flyttede dertil med sin familie. Thayil begyndte at skrive tekster som 12 -årig.